สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาพะเยา เป็นสำนักงานเขตจัดตั้งใหม่ 20 แห่ง ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการกำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 28 มกราคม พ.ศ. 2564  (สพม.พะเยา แยกจาก สพม.36 เชียงราย พะเยา) ซึ่งอยู่ในระยะเวลารอยต่อของการดำเนินงานบริหารจัดการศึกษา จึงได้ใช้ แผนพัฒนาคุณภาพการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 36 ปีงบประมาณ 2563 – 2565 ในการดำเนินงาน และจะได้จัดทำแผนพัฒนาคุณภาพการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาพะเยา ที่มีระยะเวลามากกว่า 1 ปี ในปีงบประมาณ 2565 เพื่อใช้ในปีงบประมาณ 2566 – 2569 ต่อไป